Recoger означает поставить вещи на свое место. Ordenar – привести в порядок, расставить или разложить.
Recoger los libros – Поставить на полки разбросанные по всему дому книги
Ordenar los libros – Расставить книги, уже стоящие на полке, согласно какому-то критерию
Также мы recogemos (убираем) и ordenamos (приводим в порядок) помещения: la cocina, el baño, el salón...
Для полноты картины мы советуем прочитать ¿Ordenar o recoger?