El verbo cocinar se usa sólo para la comida. Por eso nunca se usa con objeto directo:
Esta noche voy a cocinar = Esta noche voy a hacer la cena (es incorrecto *cocinar la cena)
Cocinar, por lo general, supone un proceso largo, pasar al menos una hora en la cocina. También es un hobby:
Me gusta cocinar. Los fines de semana siempre cocino.
El verbo preparar se usa para la comida y para todas las cosas no materiales:
Esta noche voy a preparar la cena
Soy profesor, y por la noche preparo las clases
Tengo que preparar un informe para el miércoles
Prepararse (siempre con la preposición para) significa estudiar para un examen, un juego, etc.:
Tengo que prepararme para sacarme el DELE (diploma internacional de español)